Como definir Zmatrix no webmo

O ZMatrix é um aplicativo gratuito que é executado em sistemas operacionais do Windows e pode ser usado como um aplicativo de tela ou um aplicativo independente. Ele simula o famoso efeito "Código Falling", visto no filme 'The Matrix' e oferece uma maneira única de personalizar seu papel de parede de desktop ou economia de tela.

Geometria de entrada como uma matriz z

Uma matriz z é o sistema de coordenadas intuitivas de um químico que especifica a geometria molecular em relação a outros átomos usando comprimentos de ligação, ângulos de ligação e ângulos diédricos. Embora as matrizes z sejam convenientes para os químicos, eles também podem introduzir complicações numéricas.

Ao contrário das coordenadas cartesianas, uma matriz z nem sempre fornece posições e orientações precisas para átomos na molécula. Além disso, como as matrizes z são mal definidas, às vezes podem causar problemas computacionais (por exemplo, moléculas em forma de anel ou estruturas quase lineares).

Por esse motivo, geralmente é necessário editar a matriz Z padrão para otimizar a varredura e/ou minimizar a sensibilidade numérica em uma otimização. O editor de matriz Z permite o controle total sobre a matriz z da molécula.

Coordenadas para otimização e varredura

O WebMO fornece uma variedade de tipos de coordenadas que podem ser especificados ao criar uma nova molécula ou editar uma existente. Isso inclui posições atômicas otimizadas (O), fixo (f) e digitalizado (S, S2).

Além de especificar o eixo X local e o eixo y, essa entrada também especifica o tipo de átomo (consulte átomos) e o índice de cada átomo. Estes são interpretados juntamente com o eixo z atômico para definir o plano XZ para análise.

Ao definir coordenadas, é importante reordenar os átomos primeiro na molécula. Somente átomos acima de um determinado átomo podem ser referenciados pelas coordenadas definidas.